Aikojen kuluessa ihminen on monin tavoin hyödyntänyt harjukannasta ja sen erikoislaatuisuutta. Paikallisissa luonnonolosuhteissa tapahtui merkittävä muutos vuonna 1830, kun kannaksen matalimpaan ja kapeimpaan kohtaan alettiin kaivaa kanavaa liikenneväylän saamiseksi kahden järven välille. Veden paino mursi kuitenkin vielä keskeneräiset rakenteet ja patolaitteet uurtaen väylän 30 metriä leveäksi salmeksi. Näin syntyi Vehoniemenharjun ja Keisarinharjun toisistaan nykyisinkin erottava Kaivannon kanava. Samalla Längelmäveden pinta putosi noin 2 metriä alemmaksi Roineen tasalle.
Vehoniemenharju on ollut matkailukohde jo pitkään. Maisemia ovat käyneet ihailemassa myös kuningas Kustaa III ja keisari Aleksanteri I, jonka käynnistä vuonna 1819 kerrotaan Keisarinharjun saaneen nimensä. Vuonna 1927 harjulle rakennettiin näkötorni ja pian sen jälkeen kesäravintola ja hotelli. Matkailumajatoiminta jatkui vuoteen 1980. Samalla paikalla on nykyään 1983 valmistunut Vehoniemen automuseo.
Vehoniemenharju tuli valtion omistukseen 1934, jota ennen harjun puustoa oli hakattu ja alueella oli laiduntanut karjaa. Laidunhistoriasta kertoo yhä alueen koivujen ja katajien runsaus. Nykyisin Vehoniemenharju-Keisarinharju on Natura 2000-alue, jota hoitaa Metsähallitus.
