Merkittävät luontotyypit
Vaisakon luonnonsuojelualue on perustettu suojelemaan Etelä-Suomen tammivyöhykettä edustavia lehtoalueita ja jalopuumetsiä, sekä harvinaisia, osin uhanalaisia sieni- ja hyönteislajeja. Vaisakossa on valtakunnallisesti harvinaista luontotyyppiä, Fennoskandian hemiboreaalista luontaista jalopuumetsää.
Metsät
Alueen keskiosassa on vanha niitty, johon on istutettu rauduskoivua. Niityn kummallakin puolella kohoavat jyrkkäreunaiset mäet. Länsiosasta voi löytää mäen laelta karua kalliometsikköä. Vaisakon luonnonsuojelualueella on runsaasti jaloja lehtipuita. Alempana rinteillä yleistyvät pähkinäpensaikot, tammet, metsälehmukset ja vaahterat. Runsaslukuisimpana jalopuuna on metsälehmus ja se vallitsee erityisesti itäisessä lehdossa. Vaisakon vaahteraesiintymä on yksi harvoista Salon seudun luontaisista vaahteraesiintymistä. Vaisakossa kasvavat saarnet ovat istutettuja. Kookkaimpien tammien ympärysmitat lähentelevät neljää metriä. Rantojen läheisissä lehdoissa vallitsevina puulajeina ovat tervaleppä ja tuomi.
Vanhat, kookkaat ja osin jo lahonneet jalopuut tarjoavat kasvupaikkoja ja ravintoa useille harvinaisillekin sienille ja selkärangattomille. Vanhojen puiden kolot puolestaan tarjoavat pesäpaikkoja monille kolopesijöille.
Kasvillisuus ja sienet
Vaisakon alueen kasvillisuus on monipuolista, rehevää ja osin harvinaistakin. Pensaskerroksessa pähkinäpensaan lisäksi kasvaa runsaasti taikinamarjaa ja lehtokuusamaa. Useat lajit kukkivat aikaisin keväällä, kun puiden lehdet eivät vielä varjosta. Keväällä keltaista kukkaloistoa luovat kevätesikot, isokäenrieskat, keltavuokot ja mukulaleinikit. Sinisen ja violetin sävyissä kukkivat puolestaan sinivuokko, imikkä, kevätlinnunherne ja pystykiurunkannus. Myöhemmin kesällä kukkansa avaavat mm. jänönsalaatti, kesäöinä huumaavasti tuoksuva valkolehdokki ja pahalta haiseva haisukurjenpolvi. Myrkyllisiä marjoja myöhemmin kesällä tekevät sudenmarja, lehtokielo ja mustakonnanmarja. Itiökasveja edustavat maassa suikertava katinlieko, näyttävä kotkansiipi, hiirenporras sekä metsä- ja lehtokorte.
Vaisakosta löytyy useita kääpiä ja kääväkkäitä, jotka ovat vanhojen metsien indikaattorilajeja. Näitä ovat esimerkiksi pohjanrypykkä, rusokääpä ja silmälläpidettävä lamokääpä. Vaisakossa on tavattu valtakunnallisesti uhanalaisia sammalia ja sieniä. Näistä esimerkkeinä ovat pisarahelttahelokka, sinihelttajauhikas, isolimalakki, isotorasammal sekä lahopuulla kasvava, alueellisesti uhanalainen katvesammal. Kallioraoissa ja onkaloissa kasvaa uhanalaista luutasammalta, koloviuhkasammalta ja ketjusammalta. Seinämien ravinteisimmilla paikoilla kasvavat mm. taljaruoste- ja isoruostesammal.
Linnusto
Linnustollisesti alue on runsas ja monipuolinen ja omaleimaisuutta tuo etenkin runsas lehtolajisto. Alueella tavataan linnuista mm. harmaapäätikka, huuhkaja, helmipöllö, kangaskiuru ja pohjantikka. Lehdossa viihtyviä lintulajeja ovat mm. kultarinta, lehtokerttu, lehtopöllö, mustapääkerttu, luhtakerttunen, punavarpunen ja satakieli. Vaisakon luonnonsuojelualueen pohjoisosasta avautuu linnustollisesti arvokas rantaniitty- ja ruovikkoalue. Tämä alue on osittain päällekkäin Viurilanlahden Natura-alueen kanssa.