Söderskärin saaristo on tärkeä merilinnuston suojelu- ja tutkimusalue, valtakunnallisesti arvokas kulttuurimaisema sekä ainutlaatuinen matkailukohde.
Riistantutkimusta ja linnustonseurantaa
Vuonna 1965 saaren tyhjilleen jääneisiin rakennuksiin perustettiin Valtion riistantutkimuslaitoksen alainen tutkimusasema. Aseman tehtäviin kuului lintujen muuttoseuranta sekä hyljetutkimus. Henkilöstö asui luotsituvassa ja majakasta käsin suoritettiin linnuston seurantaa. Henkilöstö teki paljon myös rakennusten korjaustöitä, kuten ennen olivat tehneet luotsit ja majakanvartijat. Tutkimusaseman toiminta päättyi vuonna 2007. Linnuston seurannan jatkamiseksi saarelle on perustettu vapaaehtoistoimintaan perustuva lintuasema (birdlife.fi), jonka toiminnasta vastaa BirdLife Suomi ry.
Haahkojen valtakunta
Söderskärin saaristo on Suomenlahden merkittävimpiä saaristolinnuston pesimäalueita, jossa haahkat ovat pesineet sukupolvia. Haahkoille tärkeitä sinisimpukoita löytyy ruuaksi merenpohjasta runsaasti.
Söderskärissä saaristolintukantoja on seurattu kymmeniä vuosia, Riista- ja kalatalouden tutkimuslaitoksen toimesta vuodesta 1948 lähtien. Nykyään muuton seurantaa toteutetaan lintuasemalla vapaaehtoisvoimin ja pesimälinnustoseurannasta vastaa Metsähallitus.
Saarten rauhoittaminen 1930-luvulta lähtien näkyy lintukannoissa. Vuonna 1950 pesivien haahkojen parimääräksi laskettiin 209 ja vuonna 2013 noin 1700 paria. Enimmillään haahkoja on ollut jopa 2400 paria.
Myös muut linnut, kuten riskilä, kalatiira ja lapintiira ovat hyötyneet pesimärauhasta. Tällä hetkellä minkit ovat saariston lintujen suurin uhka, pesimäaikaan maihin nousevien ihmisten ohella.
Matalikkoja ja avokallioita
Suurin osa Söderskärin luodoista on kasvitonta avokalliota. Vain suurimmilla luodoilla tavataan matalaa kallioketokasvillisuutta. Söderskärin suurimmilla saarilta löytää katajikkoa ja pieniä haapa-kuusimetsiköitä. Kallionkoloissa, suojassa merituulelta, sinnittelee heinävaltaisia niittykaistaleita. Alueella kasvaa mm. keihäsvuohennokka. Merenpohja Söderskärin ulkoluodoilla sekä saariryhmän eteläpuolisilla matalikoilla on pääasiassa kalliota tai kivikkoa ja vedenalaisia hiekkasärkkiä.
