Ihmisen jäljet näkyvät vahvasti Seilin maisemassa. Ensimmäiset pellot raivattiin saarelle jo keskiajalla. Myös laiduntaminen on muuttanut maisemaa. Seilin arvellaan olleen 1600–1900-luvuilla lähes puuton. Laiduntaminen väheni 1900-luvun alussa ja niityt, hakamaat ja kalliokedot alkoivat metsittyä ja kasvaa umpeen.
Seilin nykyinen luonnonympäristö voidaan jakaa kolmeen osaan: lehtomaiseen ja rehevään eteläosaan, avoimeen ja perinnemaisemien täyttämään keskiosaan sekä karuun, havupuuvaltaiseen pohjoisosaan. Harvinaisimpia luontotyyppejä Seilissä ovat laajat pähkinäpensaslehdot saaren eteläosassa sekä kalliokedot saaren keskiosassa.
Seilin uhanalaisista ja silmälläpidettävistä lajeista suurin osa on vanhoja kulttuurilajeja, jotka elävät katoavissa perinteisissä kasvuympäristöissä. Seilissä tavataan muiden muassa ketoneilikka, amiraaliperhonen, neitoperhonen, pohjanlepakko ja vesisiippa. Kalasääksipari pesii saaressa vuosittain. Sen elämää voi seurata Turun yliopiston Saaristomeren tutkimuslaitoksen sääksikameran kautta internetissä (saaristomeri.utu.fi).
Seili on mukana useissa luonnon monimuotoisuutta tukevissa suojeluohjelmissa, kuten Natura 2000- ja rantojensuojeluohjelmissa. Saaren perinnemaisemia on elvytetty niittämällä, kulottamalla ja tuomalla karjaa laiduntamaan saarelle.