Rapolassa pääsee näkemään hienoja harjumetsiä. Alueella on myös lehtoja, niittyjä ja puustoisia soita. Rapolanharjun metsissä viihtyvät puulajeista muiden muassa kuusi, tammi, vaahtera, lehmus ja kynäjalava.
Rapolan alueella on rikas lajisto. Alueella on havaittu lintulajeista esimerkiksi palokärki. Perhosista Rapolassa esiintyy erittäin uhanalainen paahdekiiltokääriäinen, joka on yksi Suomen kiireellisesti suojeltavista lajeista.
Rapolanharjun kasvillisuuteen ovat vaikuttaneet ihmisen pitkäaikainen toiminta sekä alueen suotuisa ilmasto ja maaperäolosuhteet. Linnavuoren alue on nykyisin pääasiassa luonnonvaraisen kasvillisuuden vallassa, kun taas Vanajaveden puoleisella kalmistoalueella on edelleen selvästi havaittavissa ihmisen monipuolinen vaikutus lajistoon.
Ihmisen pitkäaikaisesta toiminnasta Rapolassa kertoo erityisesti arkeofyyttien eli muinaistulokkaiden suuri määrä. Muinaistulokas on kasvilaji, joka on levinnyt maahamme ihmisen välityksellä jo esihistoriallisena aikana. Rupakallion kalmistossa kasvaa esimerkiksi pölkkyruohoa (Arabis glabra), jota pidetään merkkinä rautakautisesta asutuksesta. Rapolan alueen kaikista tutkituista lajeista noin puolet on alkuperäisiä, viidennes muinaistulokkaita ja loput uudistulokkaita.
Perinneympäristö monipuolisine lajeineen on myös tärkeä osa Rapolan luontoa ja maisemaa. Kalmistoalueella kasvaa monia perinneympäristöjen harvinaisia ja uhanalaisia lajeja, kuten hakara- ja törrösara ja ketokäenminttu. Hirvikallion alueelta tavataan Suomessa harvinaista taponlehteä. Perinnemaisemaa hoidetaan Rapolanharjulla laiduntamalla, ja samalla suojellaan sen arvokasta lajistoa.
