Otajärvellä kohtaavat rehevä lintukosteikko ja karu järvimaisema. Järven etelä- ja itäosat ovat pääosin karua ja kalliorantaista seutua. Erittäin rehevää on puolestaan Otajärven pohjoispäässä, jossa esiintyy ruovikoita ja kaislasaarekkeita. Järven pohjoispäätä uhkaakin umpeenkasvu. Rannoilla umpeenkasvua aiheuttavat ruovikoiden leviäminen ja pajukoituminen. Avovesialueilla ongelmana ovat paksut vesisammalkasvustot.
Otajärven monipuolinen linnusto
Otajärvi on maamme parhaimpia lintujärviä vesilinnuston laji- ja parimäärissä mitattuna. Vuonna 2002 tehdyn linnustoselvityksen mukaan järvellä pesi 14 vesilintulajia, joiden yhteisparimäärä oli 259 paria.
Järven runsaimmat vesilintulajit ovat telkkä, tavi ja härkälintu. Lisäksi mm. laulujoutsen pesii Otajärvellä, ja vuodesta 1997 alkaen siellä on pesinyt myös merihanhi. Alueen erikoisen luonteen ansiosta Otajärven karussa eteläpäässä sukeltelee kuikka.
Myös monet Suomessa harvalukuiset lintuvesilajit pesivät Otajärvellä. Esimerkiksi vuonna 2002 ruskosuohaukkoja pesi järvellä 3 paria ja luhtakanareviirejä oli peräti 18. Yöhuutelijoista luhtahuitti ja kaulushaikara kuuluvat järven äänimaailmaan. Siihen kuuluvat niin ikään pikkulokit, kurjet ja härkälinnut. Tuoreimpiin pesimälinnustotulokkaisiin kuuluva viiksitimali on pesinyt järvellä 1990-luvun alusta alkaen.
Myös järven rantametsissä pesii arvokkaita lintulajeja, kuten pikkutikka ja pyrstötiainen. Lisäksi saalisteleva nuolihaukka, hiirihaukka tai kalasääski on tavallinen näky Otajärvellä.
Arvokkaita luontotyyppejä
Monipuolisen linnuston lisäksi Otajärvellä on myös Eu:n luontodirektiivin mukaisia suojeltavaksi tarkoitettuja luontotyyppejä. Otajärvi nimittäin edustaa luontaisesti rehevää järveä. Lisäksi rannoilla on mm. metsäluhtaa, ja järven eteläpäässä on vanhojen metsien suojeluohjelmaan kuuluva alue.
Järven hoito ja kunnostus
Järven pohjoispäässä on leikattu ja poistettu vesisammalkasvustoa kokeiluluonteisesti. Sammalen poistotyö on ensiapua järven tilan parantamiseksi, mutta se myös antaa tärkeää tietoa poiston vaikutuksista sovellettavaksi muuallakin. Sammalta on leikattu vuosina 1999, 2001 ja 2002 noin 1,5 hehtaarin alalta.
Otajärven ympäristössä on aikanaan ollut rantalaidunniittyjä, jotka laidunnuksen loputtua ovat kadonneet ruovikoiden ja pajujen vallatessa rannat. Rannoille pyritään palauttamaan avointa rantaniittyä niiton ja laidunnuksen avulla. Järven suurimman saaren Iso-Kaskisen rantojen luonnontilaisuutta on palautettu purkamalla vanhat rakennukset.