Omenojärven linnusto
Omenojärven pienestä koosta huolimatta siellä asuu monia lintuvesien lajeja. Järvellä pesii kymmenkunta vesilintulajia, joiden yhteisparimäärä oli 60. Järven runsaimmat vesilintulajit ovat silkkiuikku ja telkkä. Lisäksi mm. laulujoutsen ja heinätavi pesivät järvellä.
Myös monet harvalukuiset lintuvesilajit pesivät Omenojärvellä. Ruskosuohaukka pesi järvellä, samoin luhtakana, kaulushaikara ja kurki. Omenojärvellä on myös naurulokkiyhdyskunta.
Veden samentuminen ja rantalaiduntamisen loppuminen ovat vaikuttaneet järven linnustoon, joka onkin monen lajin osalta vähentynyt 1970-luvun tilanteeseen verrattuna. Mm. suokukkoja ja punajalkavikloja ei tavata Omenojärvellä enää ollenkaan.
Arvokkaita luontotyyppejä
Merkittävän linnuston lisäksi Omenojärvellä on myös EU:n luontodirektiivin mukaisia suojeltavaksi tarkoitettuja luontotyyppejä. Omenojärvi edustaa luontaisesti rehevää järveä. Järven rantaluhdat ovat avoimia sara- ja ruoholuhtia ja paikoin pajua kasvavia pensasluhtia. Rannan puolella on puustoisia tervaleppäluhtia. Lisäksi harjumetsän kupeesta pulppuaa maanpintaan pohjavettä muodostaen tihkupintoja.
Järven hoito ja kunnostus
Omenojärven vedenpintaa on viimeksi laskettu puoli metriä 1930-luvun lopussa. Järven keskisyvyys on vain puoli metriä ja järvessä on liian vähän vettä. Tämä näkyy mm. luhtien umpeenkasvuna ja veden samentumisena. Omenojärven vedenpinnannosto on valmisteilla.
Omenojärven ympäristössä on aikanaan ollut rantalaidunniittyjä, jotka ovat laidunnuksen päättymisen jälkeen kasvaneet umpeen. Järven pohjoisrannalle pyritään palauttamaan avointa rantaniittyä laidunnuksen ja niiton avulla.