Rantaniittyjä
Mietoistenlahden rantoja seurailivat aikaisemmin laajahkot, avoimet niittyalueet. Kun laidunnus alueella päättyi 1970 - 80-luvuilla, rantaniityt hävisivät vähitellen järviruokokasvustojen alle. Rantaniittyjä kuivattiin myös pelloiksi.
Viime vuosien hoitotöiden ansiosta avoimia rantaniittyjä on saatu takaisin alueen maisemaan. Lahden umpeenkasvaneita ranta-alueita on hoidettu niiton ja laidunnuksen avulla sekä kansallisella että EU:n rahoituksella. Hoidon vaikutukset näkyvät paitsi kasvillisuuden muutoksina, myös linnustossa; matalia rantaniittyjä vaativat lajit, kuten keltavästäräkki, punajalkaviklo ja töyhtöhyyppä pesivät hoidetuilla ranta-alueilla. Lisäksi muuttomatkallaan olevien lintujen olosuhteet ovat selvästi parantuneet, sillä linnut käyttävät ruokailu-alueinaan näitä hoidettuja, avoimia rantoja. Tällä hetkellä alueella on laidunta ja niittoaluetta yhteensä 115 hehtaaria.
Mietoistenlahden linnusto
Tärkeä muuttolintujen levähdyspaikka
Laajoen suisto on erittäin tärkeä kevätmuutonaikainen levähdyspaikka linnuille. Eniten säpinää lahdella on etenkin huhtikuun lopussa ja toukokuun alussa, jolloin lahdella voi levähtää samanaikaisesti jopa tuhansia vesilintuja. Runsaslukuisimpia levähtäjiä ovat isokoskelot, telkät, tukkasotkat, tavit, haapanat ja sinisorsat. Isokoskeloita on enimmillään lahdelta laskettu 4000 kerralla.
Myös Suomessa vähälukuiset pesimälajit, kuten hanhet, laulujoutsen, harmaasorsa, lapasotka ja uivelo, levähtävät alueella säännöllisesti. Lisäksi lahdella havaitaan vuosittain Suomessa läpimuuttavia tai harvalukuisina pesiviä lajeja sekä kansallisesti harvinaisia lintulajeja. Säännöllisiä vieraita keväisin ovat mm. pikkujoutsen, tundrahanhi ja mustapyrstökuiri. Heinäkurppakin on nykyään jokasyksyinen vieras. Merikotka ja muuttohaukka ovat harvinaisimpia vuosittain tavattavia petolintulajeja.
Lahti kuuluu myös maamme tärkeimpiin merihanhien loppukesäisiin kerääntymisalueisiin. Lahdella saattaa olla enimmillään jopa tuhat hanhea samanaikaisesti. Eniten hanhia lahdella on heinäkuun lopun ja elokuun kolmen ensimmäisen viikon aikana. Pääosa hanhista lähtee sorsastuksen alkaessa.
Pesimälinnusto
Lahdella pesii vuonna 2002 tehdyn selvityksen mukaan yhdeksän vesilintulajia, esimerkiksi rehevien lintuvesien vaateliaimpiin lajeihin kuuluvat heinätavi ja lapasorsa. Pesiviä vesilintuja on alueella yhteensä noin 70 paria. Nauru- ja selkälokki sekä tiirat ovat hävinneet alueen pesimälinnustosta lähinnä lintukarien umpeenkasvun takia.
Kahlaajista töyhtöhyyppä, taivaanvuohi, isokuovi, punajalkaviklo ja rantasipi pesivät alueella. Lisäksi vähälukuisena lahdella pesivät myös kaulushaikara, kurki, luhtakana ja luhtahuitti.
Viime vuosina alueelle on rakentanut pesänsä myös yksi maamme muutamasta niittysuohaukkaparista. Ruovikoissa puolestaan pesii kymmeniä ruoko- ja rytikerttusia sekä pajusirkkuja. Vuonna 2002 lahdella tavattiin pitkästä aikaa soidintava etelänsuosirri.