Liimanninkosken alue siirtyi valtion omistukseen vuonna 1989 ja lehtojensuojelualue perustettiin vuonna 1992. Suojelualueen perustamisen jälkeen joen eteläpuolisia luonnontilaisia alueita on käytetty tutkimus- ja opetuskäyttöön, ja joen pohjoispuolisia alueita retkeilyyn ja perinnemaiseman ylläpitoon. Vuonna 2008 suojelualue siirtyi Metsäntutkimuslaitokselta Metsähallituksen hallintaan.
Ennen suojelualueen perustamista Liimanninkoskella on harjoitettu laidunnusta ja maanviljelyä. Tästä ovat merkkinä alueella sijaitsevat puimala, ladot ja niityt. Alueen läpi virtaavassa Muhosjoessa on uitettu puuta 1940-luvulle saakka ja suojelualueen lounaisrajalla on merkkejä entisaikaisesta tervanpoltosta.