Varhaisimmat asukkaat ovat todennäköisesti asettuneet Käsivarren alueelle pian mannerjään vetäydyttyä. Vesistöt ovat tarjonneet kalaa ja tunturit peuroja, ja kesällä on kerätty kasveja ja marjoja. Metsästykseen, kalastukseen ja keräilyyn perustuva elämäntapa jatkui alueella tuhansia vuosia kivikaudelta historialliselle ajalle saakka.
Asuinpaikoilta on löydetty kivityökalujen kappaleita ja niiden työstössä syntynyttä kivisilppua sekä pieniä palaneiden luiden murusia. Onpa Kilpisjärven rannalta löydetty saviastian palasiakin, jotka on ajoitettu 6500 vuoden taakse.
Poron villi kantamuoto, tunturipeura, oli tärkeä muinaiselle ihmiselle. Peurasta saatiin lihaa ruuaksi, nahkaa, jänteitä, luita ja sarvia tarvekaluja varten. Peuroja metsästettiin kuoppien avulla. Hiekkamaahan kaivettiin muutaman metrin laajuinen syvä kuoppa, jonka reunat tuettiin puunrangoilla. Kuoppia kaivettiin useimmiten pitkä jono peurojen kulkureitille. Joskus kuoppia saattaa olla samassa järjestelmässä kymmeniä, jopa satoja.
Alueella pyydettiin myös monia muita eläimiä, kuten kettuja, susia, hirviä, majavia ja naaleja. Linnuista pyydettiin pääasiassa riekkoa ja kiirunaa sekä vesilintuja. Kalastus oli tärkeä osa pyyntikulttuuria.
Tunturipeurasta kehittynyttä poroa alettiin hoitaa noin 2000 vuotta sitten. Aluksi poroa käytettiin lähinnä veto- ja kantojuhtana ja poronhoito oli erittäin pienimuotoista. Vähitellen poronhoidon merkitys kasvoi peurakannan vähetessä. Poronhoito on edelleen tärkeä elinkeino Käsivarren erämaa-alueella.
Nykyisellä Käsivarren erämaa-alueella sijaitsi aikoinaan kaksi lapinkylää, Rounalan ja Suonttavaaran lapinkylät. Lapinkylien rajana toimineet kiviröykkiöt voi erottaa maastosta vielä nykyäänkin. Lapinkylien raja sijaitsi nykyisen Käsivarren erämaa-alueen eteläosassa, Munnijärvi - Vuontiskero - Hapakka - Sinettä -linjalla.