Kärnäkosken linnoituksen alue on luokiteltu maakunnallisesti arvokkaaksi perinnemaisemaksi. Lampaat pitävät kesäisin maisemaa avoimena laiduntamalla.
Kärnäkosken niityillä ja kedoilla esiintyy runsaasti tärkeitä perinnemaisemien kasvilajeja, kuten uhanalainen keltamatara (Galium verum). Linnoituksella viihtyvät myös musta-apila (Trifolium spadiceum) ja ketoneilikka (Dianthus deltoides). Kaikkiaan linnoituksen sisäpihalta on löydetty 130 eri putkilokasvilajia.
Kasvilajistoon kuuluu useita linnoituksen historiasta kertovia niin sanottuja muinaistulokkaita, joiden alkukoti on Venäjällä. Näyttävää tummatulikukkaa (Verbascum nigrum) on aikoinaan käytetty lääkekasvina samoin kuin harvinaista etelänhoikkaängelmää (Thalictrum simplex) ja heinäratamoa (Plantago lanceolata).
Maakerrosten siemenpankista on linnoitusta kunnostettaessa ilmaantunut esiin myös esimerkiksi pölkkyruohoa (Arabis glabra) ja hullukaalia (Hyoscyamus niger), joista jälkimmäinen on jo antiikin maailman tuntema erittäin myrkyllinen kasvi, jota on käytetty kipulääkkeenä. Sotahistoriasta kertoo harmio (Berteroa incana), jota nimitetään kansanomaisesti "kasakan jalanjäljeksi".