Jonkerinsalon luonnonsuojelualueen ydin on jylhänkaunis, lähes kilometrin pituinen pohjois-eteläsuuntainen rotkolaakso, Hiidenportti. Alueen läpi virtaava Louhipuro levenee pystysuorien kallioseinämien keskellä joeksi ja jatkaa kulkuaan kohti etelää.
Rotkolaakso on syntynyt miljoonia vuosia sitten maankuoren poimuttuessa. Alueen kallioperä kuuluu arkaaisen kallioperän Fennoskandian kilven Itä-Suomen migmatiitti-granitoidialueelle. Myöhemmin jääkaudet ovat silotelleet maaston pinnanmuotoja.
Jonkerinsalo on Oulujoen ja Pielisen reittien välistä vedenjakajaa, ja keskimäärin 200 metriä merenpinnan yläpuolella. Aluetta luonnehtivat laajat luonnonmetsät, karut suoalueet ja lukuisat erämaiset pienvedet. Kasvillisuus on vedenjakajaseudulle tyypillisesti karua. Erityisen karua se on rotkolaakson ympäristössä.
Luonnonsuojelualueelle ovat luonteenomaisia metsäiset vaarat. Metsät eivät ole kirveenkoskemattomia, mutta ovat jo kauan saaneet ikääntyä rauhassa metsätaloustoimenpiteiltä. Metsät ovat laajalti kuusivaltaista vanhaa metsää, missä lahopuu lisää lajiston monimuotoisuutta. Kuusimetsien ohella alueella on myös männikkökankaita. Siellä täällä tapaa jyhkeitä kilpikaarnaisia petäjiä.
Jonkerinsalonkaan metsät eivät ole säästyneet metsäpaloilta. Niistä kertovat monin paikoin näkyvissä olevat palokorot mäntyjen kyljissä sekä mustiksi hiiltyneet palokannot.
Jonkerinsalon suot ovat laajalti luonnontilaisia. Tyypillisiä ovat kituliasta mäntyä kasvavat rämeet, mutta alueella on myös korpia ja aapasoita. Suot ovat yleisilmeeltään karuja ja vähäravinteisia.
Rehevin suokasvillisuus keskittyy lähdevaikutteisiin kohtiin ja lehtomaisiin kuusikkokorpiin. Jonkerinsalon maisemia elävöittävätkin lukuisat purot, joet ja lammet.
Jonkerinsalolla tapaa tyypillisiä vanhoissa metsissä viihtyviä lajeja. Alueelta on löydetty runsaasti mm. uhanalaisia kääpiä, sammalia ja jäkäliä. Sekä Jongunjoen että Suolajoen rannoilla voi nähdä majavien asumisen jälkiä. Lisäksi alueella liikkuvat kaikki suurpetomme. Eläimistöön kuuluvat myös mm. hanhet ja metsäkanalinnut.
